Muitas vezes precisamos criar boot por pendrive, como por exemplo, para instalar o SO em um netbook.

Entre com command prompt,  se for no Windows Vista ou no Windows 7 entre como administrador (botão direito no atalho "Abrir como Administrador"):

DiskPart                          (ferramenta de manutenção e configuração de disco)
Listdisk                           (lista os discos fisicos da maquina)
Select disk <Numero>        (seleciona o pendrive, CUIDADO PARA NÃO ESCOLHER O DISCO ERRADO)
Clean                              (apaga todos os dados do disco)
Create partition primary      (cria a partição com todo o tamanho do pendrive)
Select partition 1               (seleciona a partição que acabou de ser criada)
Active                             (ativa a partição criada)
Format fs=ntfs                 (formata o pendrive)
Assign                            (atribui uma letra ao pendrive no Windows Explorer)
Exit                                (sai do utilitário)

Não feche ainda o command prompt, verifique com qual letra o pendrive ficou no Windows Explorer.

Volte ao command prompt e acesse o DVD de instalação do Windows Vista ou do Windows 7 e acesse a pasta boot:

cd\boot                           (diretório de boot do DVD de instalação)
bootsect /nt60 <Letra>:     (copia os arquivos de boot para um windows versão 6.0 ou superior, no caso o Vista ou Windows 7)

Pronto, agora configure o BIOS de sua maquina para dar boot pelo Pendrive ou use a tecla <F8> que em muitos BIOS mostra a lista de boot.